亦担任过驻日代表、国家安全会议秘书长及亚东关系协会会长。庄铭耀于1948年进入位于青岛的海军军官学校，1952年毕业于左营。先后担任中荣舰航海员，并参加东山岛战役，率领第一舟波登陆成功。之后留学日本学习鱼雷。返台后，续任海军修械所工程师。其后历任联智舰、中权舰、太昭舰及洛阳舰舰长、海军第二军区作战组长、国防部作战参谋次长室上校副处长、海军新训中心上校指挥官、台北勤务处少将处长、海军一四二舰队少将舰队长、国防部情报参谋次长室少将助理次长、海军总部人事署少将署长、海军舰训部中将指挥官、海军总部中将参谋长、海军中将副总司令，国防部上将副部长等职务。1991年7月1日晋任海军二级上将，成为第二位台湾出身的海军上将，亦是继邹洪、陈守山、郭宗清之后第四位台籍上将，海军总司令1991.05.01─1994.04.16 并于同年5月1日成为首任台籍海军总司令，至1994年4月16日卸任。其后转任总统府战略顾问。1996年5月30日，李登辉批准由庄铭耀出任驻日代表。2000年陈水扁当选总统后延揽其担任国家安全会议秘书长。后因肝疾日笃，免除国安会职务，于2001年9月接替林金茎担任亚东关系协会会长。2002年1月6日因肝癌末期导致肝衰竭，于当日上午8时14分病逝于台北荣民总医院。